نهجت مدارس أسراري منذ تأسيسها منهجها المتميز في التعليم، والذي يعتمد على الطالب أولاً بجعله محورًا للعملية التعليمية، ويعتمد على المعلم والمنهج المقرر، ثانيًا باعتبارهما ركنان هامان في التسلسل الهرمي التعليمي، ونهجت المدرسة أيضًا صناعة إنسان المستقبل.
يُرافق هذا منهج متماسك للغة العربية، يمزج بين المنهج الوزاري المقرر ومنهج المدارس، ويحيط بها سياج متين من الضبط السلوكي المتميز.
وفي البيئة التعليمية خاضت أسراري تجربتها الفريدة في دمج العمليتين التعليمية والتربوية، فأعطت للعملية التربوية مركز الصدارة؛ لأن بناء الإنسان يحتاج إلى أساس قوي يقف عليه، وهذا البناء أساسه الأخلاق الفاضلة.
وضعت المدارس نظامًا فريدًا لدراسة ومعالجة جميع الحالات السلوكية المتوقعة والحاصلة عند الطلاب، تبدأ باحترام الطالب لنفسه وللآخرين، والتعامل الراقي مع المجتمع، المبني على أساس الثقة والتفاهم واحترام الرأي الآخر، وقد دعمت ذلك بعدد من المناهج والمقررات منها: التعلم الكوني والتعلم الذاتي والعمل الجماعي والمهارات الحياتية.
تجمع المدارس بين التعليم المباشر وغير المباشر، حيث تقيم سنويًّا مجموعة من الأنشطة الطلابية التي تمتع الطالب وتعطيه الثقة بالنفس والجرأة والإقدام؛ لأنها جاءت على غير المعتاد.تستمر المدارس في متابعة كل ما هو جديد ومتطور، وكل ما يدعم مسيرتنا العلمية والتربوية، وما يتناسب مع قيمنا وحضارتنا؛ لننهض بهذه الأمة من جديد، ونحتل مركز الصدارة بين الأمم.